1. Lãnh đạo Trung tâm
a) Lãnh đạo Trung tâm Kiểm soát bệnh tật gồm: Giám đốc và các Phó Giám đốc. Số lượng Phó Giám đốc thực hiện theo quy định của pháp luật hiện hành và quy định của tỉnh.
b) Giám đốc là người đứng đầu Trung tâm, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Y tế Quảng Ninh và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Trung tâm.
c) Phó Giám đốc là người giúp Giám đốc chỉ đạo một số lĩnh vực công tác do Giám đốc phân công, chịu trách nhiệm trước Giám đốc và trước pháp luật về một số lĩnh vực được phân công phụ trách. Khi Giám đốc đi vắng, một Phó Giám đốc được Giám đốc ủy quyền điều hành các hoạt động của Trung tâm.
d) Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện các chế độ chính sách đối với Giám đốc, Phó Giám đốc Trung tâm thực hiện theo quy định của pháp luật và theo phân cấp của cấp có thẩm quyền.
2. Cơ cấu tổ chức của Trung tâm
a) Các phòng chức năng: Gồm 03 phòng
- Phòng Tổ chức - Hành chính; 
- Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ;
- Phòng Tài chính - Kế toán;
b) Các khoa chuyên môn: 13 khoa
- Khoa Phòng, chống bệnh truyền nhiễm;
- Khoa Phòng, chống HIV/AIDS;
- Khoa Phòng, chống bệnh không lây nhiễm và Dinh dưỡng; 
- Khoa Sức khỏe môi trường - Y tế trường học; 
- Khoa Bệnh nghề nghiệp - Chẩn đoán hình ảnh - Thăm dò chức năng; 
- Khoa Sức khỏe sinh sản;
- Khoa Truyền thông, giáo dục sức khỏe; 
- Khoa Ký sinh trùng - Côn trùng; 
- Khoa Dược - Vật tư y tế; 
- Khoa Hóa sinh;
- Khoa Xét nghiệm Vi sinh - Huyết học;
- Phòng khám đa khoa; 
- Khoa Da liễu và Phòng chống mù lòa tại cộng đồng;