Trong giai đoạn 2012-2018 Trung tâm Y tế dự phòng Quảng Ninh đã được đầu tư và phát triển các điều kiện để nâng cao hoạt động khoa học của đơn vị như: xây dựng cơ sở hạ tầng, đầu tư trang thiết bị máy móc hiện đại, đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao. Trên cơ sở đầu tư, ứng dụng các trang thiết bị, kỹ thuật công nghệ cao như: các hệ thống máy PCR, Realtime PCR, máy giải trình tự gen, trung tâm đã phát triển các kỹ thuật sinh học phân tử phục vụ công tác chuẩn đoán phát hiện dịch sớm, xét nghiệm phát hiện và khẳng định được hầu hết các loại bệnh dịch như: Zika, Mers Cov, Cúm A, Ho gà, Viêm não, Sốt xuất huyết, khám sức khỏe: Các Xét nghiệm sinh học phân tử Lao, HPV, HBV……Từ năm 2011 phòng xét nghiêm Trung tâm đã đạt chuẩn ISO 17025-2005. Được 5 Bộ chỉ định là đơn vị xét nghiệm, kiểm nghiệm Quản lý nhà nước trên địa bàn tỉnh; Trung tâm cũng là đơn vị đầu tiên trong ngành y tế Quảng Ninh đạt chuẩn ISO 15189 -2012; Triển khai các ứng dụng CNTT trong công tác kiểm soát dịch bệnh trên địa bàn tỉnh: Hiện Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh Quảng Ninh là một trong số những đơn vị đầu tiên triển khai phần mềm báo cáo bệnh truyền nhiễm theo Thông tư 54 đến các Trạm Y tế. Là đơn vị tiên phong trong cả nước triển khai Hệ thống quản lý tiêm chủng Quốc gia thành công trên địa bàn tỉnh được Cục Y tế dự phòng đánh giá là đơn vị đi đầu trong cả nước.

Công tác NCKH luôn được coi là một nhiệm vụ trong tâm của đơn vị. Trong giai đoạn từ năm 2012-2017 đơn vị đã có 35 đề tài nghiên cứu khoa học cấp cơ sở được nhiệm thu các lĩnh vực: Dịch tễ học bệnh truyền nhiễm, bệnh không lây nhiễm (tiểu đường, tăng huyết áp), bệnh nghề nghiệp, ứng dụng  xét nghiệm, CNTT...Trong đó có  1 đề tài cấp tỉnh: “Nghiên cứu xây dựng quy trình thử nghiệm bộ sinh phẩm định lượng virus viêm gan B hỗ trợ xét nghiệm và tiên lượng lâm sàng cho bệnh nhân mắc bệnh viêm gan B trên địa bàn tỉnh Quảng Ninh”.  Đề tài đã được nghiệm thu năm 2017 và đã được Hội đồng nghiệm thu nhiệm vụ NCKH & PTCN cấp tỉnh đánh giá và xếp loại xuất sắc.

Với những cố gắng và nỗ lực của tập thể cán bộ nhân viên Trung tâm Y tế dự phòng trong công tác NCKH và ứng dụng công nghệ trong hoạt động chuyên môn trong giai đoạn 2012-2018, Trung tâm Y tế dự phòng đã vinh dự nhận Bằng khen của UBND tỉnh Quảng Ninh trong công tác NCKH và ứng dụng công nghệ trong hoạt động chuyên môn trong giai đoạn 2012-2018. Bên cạnh đó UBND tỉnh cũng tặng Bằng khen cho 05 tập thể, 05 cá nhân trong đó có Bs Ninh Văn Chủ- Giám đốc Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh.