Chẩn đoán có thể khó khăn vì phần lớn trẻ bị muỗi mang virus Zika đốt chỉ có các triệu chứng nhẹ như sốt (phát ban, đôi khi ngứa), đau khớp và mắt kích thích – những triệu chứng này tương tự như triệu chứng của nhiều bệnh khác. CDC cho biết các bác sĩ nên nghi ngờ trẻ nhiễm virus Zika nếu trẻ đi du lịch hoặc cư trú ở vùng bị ảnh hưởng trong vòng 2 tuần trước đó và có ít nhất 2 triệu chứng. Không có vắc-xin và phương pháp điều trị đặc hiệu, vì vậy CDC khuyến nghị cho trẻ nghỉ ngơi nhiều, bù nhiều dịch, điều trị sốt bằng acetaminophen và ngứa bằng thuốc kháng histamine.

Vì các triệu chứng thường nhẹ và hết trong vòng vài ngày nên Hội Nhi khoa Canada (CPS)  không khuyến nghị xét nghiệm trẻ nhiễm virus Zika trừ khi các triệu chứng trở nên nghiêm trọng và trẻ vừa đến nơi có vi-rút Zika lây lan.

Trong khi phụ nữ mang thai được khuyên là tránh đi du lịch tới những nơi bị ảnh hưởng vì mối liên quan với khuyết tật bẩm sinh trong đó có tật đầu nhỏ, CPS cho biết, tất cả những khách du lịch, bao gồm cả trẻ em nên đề phòng muỗi đốt. Trong báo cáo của mình, CDC khuyến nghị dùng thuốc chống côn trùng chứa DEET ở hàm lượng tối đa 30% cho trẻ và không dùng cho trẻ dưới 2 tháng tuổi.